Formate seu pendrive pela linha de comando. Então abra seu terminal e logue-se como root (comando su). fonte: Linux Descomplicado

1 – DETECTANDO O PEN DRIVE

O primeiro passo para a formatação é a identificação do pen drive, para isso basta nós executarmos o seguinte comando:   No meu caso, o pen drive é a ultima linha do registro, no caso o /dev/sdf1.

2 – DESMONTANDO O PEN DRIVE

Normalmente, quando espetamos o pen drive, o Linux já monta ele automaticamente, mas para fazermos a formatação, devemos desmonta-lo. Segue um exemplo para desmontar o pen drive:

3 – FORMATANDO O PEN DRIVE

Depois de desmontar o pendrive é preciso formatá-lo com o comando mkfs. Sendo assim, para formatar o pen drive no formato FAT, execute esse comando: Onde, Com isso o pen drive está formatado!